เรื่องราวเริ่มจากเด็กผู้หญิงธรรมดาคนหนึ่ง อายุ 10 ขวบ ชื่อว่า ซากุระ คิโนโมโตะ ได้พบกับหนังสือการ์ดเล่มหนึ่งในห้องทำงานชั้นใต้ดินของพ่อของเธอ และทำการเปิดมันออก เป็นเหตุให้การ์ดทั้งหมดในหนังสือกระจายหายไปตามที่ต่าง ๆ ของเมือง ด้วยเหตุนี้เองทำให้เธอต้องรับผิดชอบโดยการตามหาการ์ดที่หายไปทั้งหมด ซึ่งในการค้นหาการ์ดแต่ละใบนั้นเธอต้องใช้พลังเวทมนตร์ เข้าต่อสู้กับการ์ดก่อนที่จะทำการเปลี่ยนให้การ์ดกลับคืนสู่สภาพเดิม โดยมีผู้ช่วยคือ เคลเบรอส หรือที่รู้จักในชื่อว่า เคโระจัง ซึ่งจะคอยให้คำแนะนำต่าง ๆ เกี่ยวกับการ์ด และ วิธีการใช้การ์ดต่าง ๆ ในตอนที่ 1 เขาได้มอบกุญแจผนึกกับเธอเพื่อใช้ในการต่อสู้และจับการ์ด

ภาคโคลว์การ์ด

ภาคโคลว์การ์ด (ญี่ปุ่น: クロウカード編 โรมาจิ: Kurou Kādo-hen) ประกอบด้วย ภาคแรก และ ภาค 2 (ในการ์ตูนอนิเมะะจะอยู่ระหว่างตอนที่ 1-46 ส่วนหนังสือการ์ตูนจะอยู่ในเล่มที่ 1 ถึงเล่มที่ 6) เนื้อเรื่องในตอนแรก ๆ ซากุระจะเป็นผู้ทำการต่อสู้และเปลี่ยนการ์ดกลับคืนสภาพเดิมโดยมี เคลเบรอสเป็นผู้คอยให้คำแนะนำ นอกจากนี้ยังมี โทโมโยะ ไดโดจิ เพื่อนร่วมชั้นของเธอคอยติดตามมาด้วย เธอจะเป็นคนคอยออกแบบชุดต่อสู้ต่าง ๆ ให้แก่ซากุระใส่และคอยถ่ายวิดีโอการผจญภัยต่าง ๆ ของเธอ หลังจากตอนที่ 8 ซากุระได้พบกับคู่แข่งชื่อว่า ลี่ เชาหลาง เขามีสายเลือดของโคลว์รีด เดินทางมาจากฮ่องกงเพื่อตามหาการ์ด ในการ์ตูนอนิเมะ เขาจะมาปรากฏตัวในตอนที่ 7 เรื่อยไปจนจบ

เรื่องราวของภาคนี้จะสิ้นสุดเมื่อถึงการตัดสินครั้งสุดท้าย โดยทั้งซากุระ และ เชาหลาง จะต้องต่อสู้กับ ยูเอะ ซึ่งผู้ที่ชนะจะได้เป็นผู้ที่ครอบครองโคลว์การ์ดทั้งหมด

ภาพยนตร์ภาคแรก

การ์ดแค็ปเตอร์ซากุระ ภาพยนตร์ภาคแรก (ญี่ปุ่น: 劇場版カードキャプターさくら โรมาจิ: Gekijōban Kādokyaputā Sakura) เรื่องราวของภาพยนตร์ตอนพิเศษนี้จะเป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นระหว่างตอนในอนิเมะะที่ 35 และ 36 เนื้อเรื่องจะอยู่ในช่วงปิดเทอม ซากุระซึ่งในครั้งนั้นเธอจับลูกบอลรางวัลได้รางวัลไปเที่ยวฮ่องกง และเมื่อไปถึงฮ่องกง พวกเธอก็ได้พบว่าการมาฮ่องกงครั้งนี้ไม่ได้เกิดจากความบังเอิญ ในตอนพิเศษนี้ ซากุระไม่ได้ต่อสู้กับโคลว์การ์ด หากแต่เป็นวิญญาณของหญิงสาวที่มีความเกี่ยวพันกับ โคลว์รีด ในอดีต

ภาคซากุระการ์ด

ภาคซากุระการ์ด (ญี่ปุ่น: さくらカード編 โรมาจิ: Sakura Kādo-hen) เป็นภาค 2 ของการ์ดแค็ปเตอร์ซากุระ(ในการ์ตูนอนิเมะะจะอยู่ระหว่างตอนที่ 47 - ตอนที่ 70 ส่วนหนังสือการ์ตูนจะอยู่ในเล่มที่ 7 ถึงเล่มที่ 12) ในภาคนี้จะมีตัวละครใหม่มาเพิ่ม นั่นคือ เอเรียล ฮิอิรางิซาวะ เมื่อซากุระได้เป็นผู้ครอบครองโคลว์การ์ด เธอต้องทำการเปลี่ยนมันไปเป็นซากุระการ์ด เพื่อให้การ์ดเหล่านั้นเป็นการ์ดของเธอโดยสมบูรณ์ ในภาคนี้ เชารันจะมาคอยให้ความช่วยเหลือ และ นอกจากนั้นเขาก็จะพยายามหาทางบอกความรู้สึกของเขาที่มีต่อเธอด้วย

ภาพยนตร์ภาคสอง – การ์ดที่ถูกผนึก

การ์ดแค็ปเตอร์ซากุระ ภาพยนตร์ภาคที่สอง – การ์ดที่ถูกผนึก (ญี่ปุ่น: 劇場版カードキャプターさくら 封印されたカード โรมาจิ: Gekijōban Kādokyaputā Sakura Fūin Sareta Kādo) เป็นเรื่องราวต่อจากตอนจบของภาคที่ 2 ภาคซากุระการ์ด เนื้อเรื่องจะแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่าง ซากุระ กับ เชารัน หลังจากที่เชารันกลับฮ่องกงไป (ในตอบจบของภาคซากุระการ์ด ตอนที่ 70) เชารันได้บอกความรู้สึกของเขาที่มีต่อซากุระไปแล้ว แต่เธอยังไม่ให้คำตอบนั้นกับเขา เนื้อเรื่องในตอนพิเศษนี้อยู่ในช่วงเทศกาลนาเดชิโกะ เทศกาลประจำปีของเมืองโทโมเอดะ เชารันกลับมาญี่ปุ่นอีกครั้ง และเข้าร่วมการซ้อมละครเวทีกับซากุระ ระหว่างนี้ ซากุระเองก็พยายามที่จะให้คำตอบกับเชารัน แต่ระหว่างนั้นกลับมีโคลว์การ์ดใบที่ 53 ชื่อว่า The Nothing ออกมาสร้างปัญหาให้กับเมืองโทโมเอดะ ซากุระจึงต้องใช้เวทมนตร์อีกครั้ง

ภาคเคลียร์การ์ด

ภาคเคลียร์การ์ด (ญี่ปุ่น: クリアカード編 Kuria Kādo-hen) เป็นภาคที่ยังมีการฉายอยู่ ณ ปัจจุบันที่ญี่ปุ่น เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับการ์ดในรูปแบบใหม่ เป็นการ์ดใสๆ เหมือนกระจก และซากุระการ์ดที่เคยมีมาก็ถูกบุคคลปริศนาที่อยู่ในฝันชิงไป แล้วยังเกิดเหตุการณ์แปลกประหลาดที่ทำให้ได้เก็บการ์ดใหม่ๆในรูปแบบใหม่ด้วย ตัวละครใหม่ที่มีเพิ่มในภาคนี้คือ สาวน้อยน่ารัก ชื่อว่า ชิโนโมโตะ อากิโฮะ ซึ่งมีอะไรหลายๆอย่างที่สื่อให้เห็นว่าอาจเป็นจอมเวทย์อีกคนหนึ่ง ทั้งเรื่องที่ย้ายเข้ามาอยู่บ้านของเอเรียล เรื่องตุ๊กตากระต่ายตัวน้อยที่พกไปด้วยตลอด เรื่องผู้ดูแลที่บ้านคนใหม่ด้วย..